La procédure d'imposition des entreprises dépend de leur forme juridique. Le bénéfice des sociétés de capitaux (SA ou Sàrl) fait l'objet d'un impôt direct sur la société (personne morale). Les impôts sont perçus sur le bénéfice et le capital. Le revenu des sociétés de personnes (entreprise individuelle, société en nom collectif, société en commandite) fait l'objet d'un impôt perçu auprès du propriétaire. Il s'agit d'un impôt sur le revenu. L'Administration fédérale des contributions (AFC) et les autorités fiscales cantonales renseignent à ce sujet.

Des différences notables existent entre cantons en ce qui concerne les impôts directs. Les autorités fiscales cantonales et l'Administration fédérale des contributions mettent à la disposition des chefs d'entreprise renseignements, des systèmes de calcul et des comparatifs, y compris sur le plan international.

La taxe sur la valeur ajoutée (TVA) est une taxe générale de consommation. Elle est prélevée à toutes les phases de la production, de la distribution et de l'importation de marchandises, sur l'industrie intérieure des services ainsi que sur les bénéficiaires de prestations d'entreprises étrangères.

La TVA repose sur le principe de l'autotaxation. Les responsables d'entreprise sont tenus de déterminer eux-mêmes leur situation par rapport à la TVA et le cas échéant de procéder à la déclaration requise. L'Administration fédérale des contributions fournit la documentation nécessaire : formulaires de déclaration et documents explicatifs, échange électronique de données, etc.

Quiconque importe ou exporte des marchandises est responsable de leur déclaration aux douanes et des formalités douanières. Il est également de son ressort de faire valoir expressément son droit aux tarifs préférentiels éventuellement en vigueur (préférences tarifaires ou allègements douaniers dans le cadre du trafic de perfectionnement actif, remboursement de certaines redevances). L'Administration fédérale des douanes (AFD) fournit renseignements et services utiles en ligne.